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Amin è nato al Cairo, figlio di padre egiziano e madre francese (entrambi medici). Ha trascorso la sua infanzia e giovinezza a Porto Said; lì frequentò un liceo francese, che lasciò nel 1947 con un Baccalauréat. Dal 1947 al 1957 studiò a Parigi, conseguendo il diploma in scienze politiche (1952) prima di laurearsi in statistica (1956) ed economia (1957). Nella sua autobiografia Itinéraire intellectuel (1990) scrisse che per dedicare molto tempo all'"azione militante" poteva dedicare solo un minimo di lavoro alla preparazione degli esami universitari. Arrivato a Parigi, Amin aderì al Partito Comunista Francese (PCF), ma in seguito prese le distanze dal marxismo sovietico e si associò per qualche tempo agli ambienti maoisti. Pubblicò anche con altri studenti una rivista, ítudiants Anticolonialistes. Nel 1957 presentò la sua tesi, supervisionata tra gli altri da Franí§ois Perroux, originariamente intitolata Le origini del sottosviluppo - Accumulazione capitalistica su scala mondiale ma ribattezzata Gli effetti strutturali dell'integrazione internazionale delle economie precapitaliste. Uno studio teorico del meccanismo che crea le cosiddette economie sottosviluppate. Dopo aver terminato la sua tesi, Amin tornò al Cairo, dove fu dal 1957 al 1960 ricercatore presso l'"Istituto per la gestione economica" del governo. Successivamente Amin lasciò il Cairo, per diventare consigliere presso il Ministero della Pianificazione a Bamako (Mali) dal 1960 al 1963. Nel 1963 gli fu offerta una borsa di studio presso l'Institut Africain de Développement í‰conomique et de Planification (IDEP). Fino al 1970 vi lavorò oltre ad essere professore alle università di Poitiers, Dakar e Parigi (di Parigi VIII, Vincennes). Nel 1970 divenne direttore dell'IDEP, che diresse fino al 1980. Nel 1980 Amin lasciò l'IDEP e divenne direttore del Forum del Terzo Mondo a Dakar.